Рассказывается история агента Молли Райт, которая, стремясь присоединиться к "Людям в черном" с детства, в итоге находит их и проходит обучение, чтобы стать агентом. Ей поручается расследование тайного заговора внутри организации.
Совместно с опытным агентом Эйч они сталкиваются с угрозой со стороны Хихантеров, выдающихся существ с другой планеты, которые планируют уничтожить Землю. В ходе своего приключения Молли и Эйч раскрывают прошлые тайны "Людей в черном" и сталкиваются с предательством внутри агентства.
С использованием передовых технологий и совместных усилий, агенты пытаются предотвратить глобальную угрозу со стороны Хихантеров и восстанавливают доверие внутри "Людей в черном". Фильм завершается победой агентов и установлением нового уровня сотрудничества в организации.